董仲舒在网上被很多人称为“中华民族千古第一罪人”，认为他推动“罢黜百家，独尊儒术”，强化封建礼教和等级制度，抑制例行传统和科学进步，长期禁锢中国思想创造力，并阻碍社会转型。也有人认为其思想在汉代适应了中央集权需求，“天人感应”也隐含对皇权的制约，比如以灾异警示君主。而且儒家价值观对社会和谐有积极作用。
但当代人对董仲舒“千古罪人”的批判其实本质上是对思想专制的反思，警示思想工具化对文明进步的危害。
凡事都有两面性，儒家思想在漫长的演变与应用过程中被各种需要去断章取义、以偏概全，导致经越念越歪。其实这些问题本质上也不是出在儒家身上，而是出在儒教身上。有些宗教教义明明是好的，但是教派最后却活活变成了邪教。
其实刘彻并没有真正“罢黜百家，独尊儒术”，他只是适度地突出了儒家，抑制了其他百家，只是分了主次，并没有一刀切。“独尊儒术”的局面其实是在汉元帝、汉成帝时期成型的，背后有非常复杂的政治博弈，大致就是皇权和外戚鹬蚌相争，儒家顺势独大。
董仲舒的思想主要体现在他主张的“天人三策”上，归纳起来就是：天人感应、君权神授、推崇孔子、罢黜百家、国家大一统、选拔人才。
刘彻向董仲舒提问：“我听说舜的时候无为而治，他经常在宫殿的走廊上瞎溜达，天下也太平无事。可是周公搞的是另外一套，天天忙得不可开交，连吃饭的空都没有，天下一样也太平无事。我有听说上古时礼仪简朴，朝廷没有玄黄旌旗之类的陈设，那些勤俭的领导们说美玉不需要雕琢，出门也没排场。到了周朝，朝堂就装修得富丽堂皇，说是没有华丽的排场就不足以辅德政。还有刑法，商朝是严刑峻法，起到了良好的效果。周朝宽刑简律，社会也挺安定。而到了秦朝再用严刑峻法，结果就不行了。我一直想不通，这些圣王们治理国家的方法怎么都是矛盾的呢？治国难道就没有什么规律可循吗？我也天天学、天天干，怎么就不见效果呢？看看现在这世道，甭提了，阴阳不调不说，到处都是寡廉鲜耻之人，所以就问问你们这些来自五湖四海的书生们，我到底该怎么做才好？”
董仲舒回答：“舜接的是尧的班，按照前任的路子继续走就行了，因为尧打的底子太好了。周公就不一样了，商纣王留下来的是烂摊子，任谁也没办法垂拱而治。正因为如此，领导人才不得不风风火火、废寝忘食。至于周朝是不是奢靡，那肯定不是。周朝礼仪器物比上古更多，是为了
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