为发达的区域，都城建康及其周边地区发展尤为迅速。刘宋在湖熟开垦废弃农田四千多顷，并向京口、姑熟移民。南齐在句容修筑赤山塘。扬州“地域广阔，田野肥沃，百姓勤于本业，一旦丰收，数个郡都可免于饥荒”。
三吴（吴郡、吴兴、会稽）地区的经济发展尤为显著。刘宋在乌程修筑吴兴塘，灌溉农田二千余顷；又在会稽一带开垦湖田，“皆成为优良产业”。东晋、南朝政府的各类支出，主要依赖三吴地区。洞庭湖周边的荆、湘地区发展也颇为迅速。梁罢除义阳（河南信阳）镇兵后，“江湖诸州皆得休养生息，开垦农田六千顷。两年之后，仓廪充实”。
与浙江相邻的闽中、鄱阳湖周边地区，也取得了较快发展。此外，淮南地区土地肥沃，流民集中。江南地区普遍实行麦稻兼作，岭南则种植双季稻。元嘉之前，淮南是经济发达之地。元嘉末年，因宋魏战争，淮南遭到破坏。经过齐、梁两代的经营，江淮间部分地区的生产迅速恢复并发展。益州素有“沃野天府”之称，物产丰富。广州同样是富庶的经济区域。
当时南朝的作物品种日益丰富，耐寒及越冬作物愈发普遍。仅水稻品种就达 30 余种。昔日中原地区的麦、菽、粟等耐旱及越冬作物在南方得到种植与推广。仅谢灵运《山居赋》中提及的农作物就有稻、秫、麻、麦、粟、菽等，蔬菜、果木及水生作物更是繁多。至迟在陈朝时，麦粟之类已成为封建政府征收田赋的内容之一。此外，经济作物的栽培超过两汉时期，不仅具有鲜明的南方特色，还出现了一些专门种植经济作物的农户。在水稻种植方面，尽管仍保留传统的火耕水耨耕作制度，但随着人们对水稻生长规律的深入掌握，其内涵已有显著变化，精耕细作程度加强。火耕不再是唯一的杀虫施肥方法，粪肥被广泛使用，绿肥也日益普及。
东晋、南朝时期，水利工程取得显著发展，特别是小型水利工程逐渐普及，形成了沿港滨湖地区以水网圩田为主、山地岗阜地区以陂塘堰坝为主的特色。
此外，南朝在牛耕有所发展的基础上，发明了单牛、短辕的框型犁。它的出现，对农田耕作产生了重大影响。与此同时，适合南方水田生产的犁、耙等工具也日益完善。
在南方经济发展过程中，南、北士族地主皆采用田庄形式进行生产。北方士族南迁时，携带大量部曲和佃客，但缺乏田地。因此，他们四处“求田问舍”，不择手段地谋取土地，如刁逵在京口一带掠夺土地达万顷。与此同时，南方士族地主也进一步扩充自身经济实力。
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