郡太守兼带将军，军府佐吏的地位也高于郡佐（详见州郡县掾属、军府僚佐）。皇子年幼出任方镇长官时，行事、长史乃至出身寒庶、地位低下的典签会主持一州事务。宋武帝刘裕为巩固皇权、抑制世家大族，在地方行政方面采取的措施是，仅任命皇子或宗室诸王担任重要方镇。齐、梁也遵循这一惯例。
北魏自孝文帝之后，官制开始模仿南朝，其影响一直延续到唐代。北周时期，依照《周礼》设置六官，即天官、地官、春官、夏官、秋官、冬官六府，这成为隋唐之后六部体制的源头。北朝的政区设置承袭十六国，同样采用州郡县三级制。但此时州的辖区范围较小，州刺史能够越过郡级直接管理县，使得郡级逐渐虚化，到隋朝时正式确定为州县两级制。北魏同样设有侨州郡县和双头州郡（如南雍州），并且根据人口数量对州郡县进行等级划分。为防范新归附或异姓势力叛变，在晋义熙二年（406 年），各级行政长官设置为三人，其中州刺史必须有一位是宗室成员。北魏原本设有负责地方军政的行台以及管理数州军事的都督。到北齐时确定为行台制，北周则为总管制，它们都是负责数个州郡军事与行政的政区单位。北齐因州的辖区划分愈发细碎，于是设置行台兼管数州的民政及军事。西魏将都督改称总管，其性质与北齐行台相同。北周时，总管一般兼任驻州刺史，并以所驻之州命名。北魏还专门为鲜卑本族或其他民族（汉人除外）设置领民酋长来管理本族事务，其地位仅次于州刺史。此外，还延续十六国政区设置，设有管理州境内其他民族的护军，其地位与郡守相当，至宋大明元年（魏太安三年，457 年）废除。另外还有镇戍制，在重要军事要地设镇，镇由镇将管理，下设戍，由戍主管理。其中，以拱卫首都平城的六镇最为重要，孝文帝迁都后，六镇地位逐渐衰落。六镇民变后，北朝的镇戍便只负责军事，不再具备政区性质。
随着中原人口大规模南下，不仅为南朝增添了劳动力，还带来了先进的生产技术，为南方的进一步开发创造了有利条件。
南朝政府起初对北方流民采取侨立州郡的政策，后来，东晋及南朝政府为扩大剥削对象，转而推行土断政策。
所谓土断，即撤销侨州郡县和侨籍，让侨户与土著居民一同在当地登记户籍，并同样承担国家的赋役。从东晋到陈朝，共进行了九次土断。土断之后，南朝境内的侨寓政府便陆续消失。
南朝时期，南方的农业普遍有所发展，其中较为突出的地区是长江中下游的荆、扬二州。扬州是南朝经济最
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