明升暗降，甚至痛下杀手。
“内外诸司上封事，必先取阅，害己者，辄匿不以闻”。胡惟庸所作所为已经让朱元璋给痛恨上了，这是威胁其君权呀。
在洪武十三年朱元璋终于动手了，以擅权枉法的罪名将胡惟庸给处死，并且废除了宰相制度，并且废除了中书省。“
罢丞相不设，析中书省政归六部，以尚书任天下事，侍郎贰之”罢免了宰相制度以后，政务还是要处理的，之前中书省的职责归了六部，最终将权力集中在他的手里。
可是没有了中书省和丞相，所有的政务最后都要皇帝决断，这样皇帝的工作量就增加了，于是朱元璋想到了用其他制度代替中书省和丞相，这样殿阁大学生就应运而生了。
洪武十五年朱元璋仿照宋朝制度，设置殿阁大学士，辅佐皇帝处理政务，以顾问的身份参与政治活动。但是顾问没有什么决策权，只是给皇帝提供咨询而已。
“殿阁大学士只备顾问。帝方自操威柄，学士鲜所参决”当时的大学士没有什么实际的权力，可是这给明朝内阁制度埋下的种子，这是内阁制度形成的萌芽时期。
朱元璋死后，他的孙子朱允炆即位，殿阁大学生这一制度没有被他继承，他开设立了内阁大学生，内阁大学士的地位更高，而且有明确的品级规定。
建文帝时期黄子澄方孝孺都以学士的身份入文渊阁参与国政。到了朱棣即位，日理万机，为此他组建了正式的私人团队，来帮助皇帝处理事务。
“成祖简翰林官直文渊阁，参预机务，有历升至大学士者。其时章疏直达御前，多出宸断。儒臣入直，备顾问而已。”
接着“成祖特简解缙胡广杨荣等值文渊阁，参预机务。内阁之预机务自此始。”从此内阁学是入值文渊阁，参预机务，这被称之为内阁制度的成立时期。
但是要清楚的知道此时的内阁只有议政权和执行权，却没有决策权，决策大权牢牢掌握在皇帝的中，一切事务都必须听命于皇帝，从这一点上来说内阁只是为皇帝服务的私人机构，并没有实际权力。
明仁宗即位之后，内阁的地位迅速增长，内阁还有阁臣得到了他的重用，使得内阁大臣的职位开始尊崇，甚至阁臣开始兼领其他职务，日益掌握实权，甚至出现了内阁阁臣侵权六部的事情发生。
像后来赫赫有名的三杨，他们以阁臣辅佐东宫，最后加衔六部尚书，地位越来越尊崇，特别是正统时期杨士其，身兼尚书。三孤和大学士于一身，地位在六部尚书之上
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