手镇压日本尊王派的具体细节，写成文字带回江户城，交给德川家茂请示能否签字履行。
和井上正直一样，德川家茂开始也是打死都不相信吴军会以条约形式承诺保证他的日本土皇帝宝座，然而在听取了井上正直转述的吴军答复了，又仔细研究条约细节发现吴军没玩什么花样，不象是准备借着镇压尊王派的旗号吞并日本，德川家茂这才将信将疑的向在场的幕府众臣问道：“清国的镇南王，对我们日本的幕府真就这么好？不但不想要我们的土地，还想帮我们幕府延续千秋万代？”
没有人敢给德川家茂打这个保票，但也没有人开口反对接受吴超越的这份好意，再加上井上正直又如实交代了关于沙俄的事，让德川家茂知道吴军还帮着日本保全了领土岛屿，所以德川家茂犹豫了许久后，还是下定了决心，点头说道：“好吧，签吧，先过了这一关，以后的事，等以后再说。”
就这样，虽然沙俄领事比罗夫斯基又悄悄找到日本幕府，极力怂恿日本幕府拒绝签字，继续和吴军打下去，还承诺为日本幕府提供军事援助。然而已经见识过沙俄贪婪胃口的德川家茂还是谢绝了比罗夫斯基的好意，第二天就让井上正直在中日友好条约上签了字，立即着手准备赔款的同时，也顺带着被动的与吴军建立了镇压日本尊王攘夷派的准军事同盟。
其实不要说是日本人和其他西方列强看不懂吴军建立这一联盟的目的，就连王孚和龚橙等吴军文武都不明白吴超越为什么要坚持建立这么一个占不了任何便宜的准军事同盟，只有穿越者吴超越才真正明白这一条约的重要性，也只有吴超越才明白自己这么做的真正目的。
条约签订之后没过多久，日本尊王攘夷派的激进代表长州藩就树起了反旗，公然喊出推翻日本幕府的口号，并策动日本天皇下诏攘夷，废除一切涉外条约，还直接出兵京都，试图迎出日本天皇掌权。不甘心交出大权的日本幕府除了立即出兵镇压外，又尝试着向吴军派驻日本的大将李秀成求援，李秀成以两条缴获得来的日本蒸汽炮船为海上主力，立即出兵攻打目前叫做下关的长州藩军事重镇马关城，一番激战下来，守卫下关的长州藩大将高衫晋作被吴军打死，前后受敌的长州藩被迫投降。
事后，吴军又遵照条约约定，收到日本幕府的要求后就马上退兵返回萨摩藩，日本幕府上下大喜，也是马上按照约定支付吴军军费和阵亡将士的抚恤金，对吴军敌意大减，好感大生。然后在一年不到的时间里，吴军又先后两次出兵帮助日本幕府镇压倒幕派，残酷屠杀无数试图
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