而当在太平军中军营地的外围集结起了足够的进攻兵力之后，靠着掷弹筒的连续轰击掩护和手雷开道，吴军突击队只用了一个冲锋就杀进了太平军的中军营地，后军蜂拥而入，跟着突击队直冲太平军的中军大帐，太平军营内彻底大乱，不断有士卒逃出营地脱离战场，吴军则气势如虹，迅速冲到太平军的中军大帐附近，几颗手雷弹砸到大帐门前，还在垂死挣扎的石达开岳父黄玉昆也只好老实认命，任由着亲兵架起自己逃向相反方向，吴军冲杀进帐，顺手砍倒了太平军的帅旗，彻底瘫痪了北岸太平军的指挥系统。
北岸战场大势已去，南岸战场再坚持下去也注定是白白送死，早已习惯了在吴军面前吃败仗的石达开再是心有不甘，也只能是含着眼泪下令撤退，带着残余兵马逃向新裕河上游。同时太平军的水师也丧失了勇气，老老实实的纷纷掉转船头，争先恐后的同样逃向新裕河上游。
尽管天色已经不早，但好不容易逮到这么一个痛打落水狗的机会，南北两岸的吴军将士和新裕河水面上的吴军水师船队当然是毫不犹豫的全力追击，三支军队都是穷追猛打，拼命砍敌杀敌，太平军上下却是兵无战心，将无斗志，遗弃一切辎重抱头鼠窜，意志力不够坚强二线军队士卒投降溃散无数，又在逐渐降临的黑夜中自相践踏，死者无数，溃散逃亡者更是不计其数，包括许多太平军的两广老兵都在混乱中溃散掉队，与主力失去了联系，新裕河上飘满太平军士兵尸体，兵力一度多达四万余人的运漕太平军也在不到一天的时间里彻底溃败，永远不复存在。
最后，还是到了下半夜的时候，一路西逃的石达开才没再听到吴军的喊杀声和枪炮声，得以停下来喘息休息，然而此时此刻的石达开身边，残余士卒已经只剩下了不到三百人，且大半带伤，弹药也几乎用尽。所以惊魂稍定之后，石达开不但没有庆幸自己的再一次死里逃生，相反还放声大哭，痛哭在这一战中阵亡的万千太平军将士，也痛恨自己的决策糊涂，不听陈玉成的逆耳忠言，导致有着一战之力的安徽太平军在一天之内彻底覆灭，无数忠心耿耿的新老兄弟无辜葬身沙场。
包括陈玉成在内的所有将领都已经在混乱中和石达开失散，守侯在旁边的只剩下亲兵队长韦普成，见石达开哭得伤心，韦普成责无旁贷，只能是挑起安慰石达开的重担，劝说道：“翼王八千岁，胜败乃兵家常事，我们这一战输得虽然惨，但是巢县、庐州和舒城这些地方还在我们手里，翼王你只要回到那里，要不了多久就能重新拉起一支军队，然后再来找妖兵报仇不迟。”
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