万历二年秋，山西应州、朔州、山阴、马邑、大同等县及安东、中屯、山阴、阴和、高山等卫各以灾报。
南直隶高邮州以东两淮所辖吕四等场大旱之后，又发生狂风暴雨，河海并溢，庐舍倾圮万余区，溺死居民一千六百余人，家畜无数，仓库盐场漂荡无存，百姓流离失所，饥馑无食。徐州、扬州等大雨为灾，海啸河溢。
这件事情之后，朱翊钧知道地球不安分了，小冰川期来了。
从这个时候开始，大明便动荡不安了起来，各种各样的天灾会进一步吞噬大明的寿命。百姓流离失所，如果没有什么作为，农民起义的大火迟早都会星星燎原。
万历三年，这一年地球倒是太平了，可是朝廷又不太平了。
彻底掌握了朝廷的张居正开始了大规模的清洗，官员致士的致士，罢官的罢官，张居正开始大规模的提拔自己的人。整个大明朝的官场改天换地，正是步入张居正时代。
东南亚的战争进行的如火如荼，林凤与西班牙人的战斗越发的激烈了起来。
势单力孤的林凤在菲律宾兵败以后，引兵内犯，曾到达柘林，靖海，碣石等地。同时也到达过福建等处，依台湾魍港为基地四处劫掠。但是当时福建方面打击海盗很严厉，林凤四处碰壁，只得离去。
胡守仁再次击败林凤，林凤引兵退至广东进犯潮州。当时潮州的参政金浙主抚，林凤本人也看见了闽广两省的水师力量很大，意冷心灰不作进一步的抵抗准备。
于是林凤的手下马志善，李成等一千七百一十二人被招降，六百六十八名男女百姓被收容。林凤素知中国传统以来对待所谓盗贼毫不留情，只身逃往外洋，下落不明。
大明朝无论是官方还是私人，暂时退出了东南亚的殖民争夺。
只不过大明海贸利益太丰厚，在林凤之后，大明的沿海又一位大海盗崛起了，这个人就是李旦。李旦通过与倭国的贸易发家，他支持了倭国的德川家康统一倭国。
李旦借由日本海盗集团帮助，筹组武装船队，于日本、中国大陆、台湾、东南亚间与荷兰、英国所经营船只从事国际贸易往来，除此，也从事海盗掠夺行为。
因海上作风强悍，被西洋人取昵称为“Captain China”中国船长），或称甲必丹李旦。“甲必丹”（Captain）一词，为西班牙人统治马尼拉时期，对汉人领袖的称呼。
这些事情都是朱翊钧让澳门的情报人员搜集的消息，李旦崛起的很迅速
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