兵不血刃的解决了内乱，孙策却没时间庆祝。配合蔡邕加快袁术的丧事进程，在诸将拜祭后入殓，看着袁术被装进棺椁，安排雷薄、陈兰护送袁术踏是返乡之路，那边就开始履行职责，安排宛城的防守事宜。
虽然没杀人，但该处理的还得处理。陈瑀跑了，孙策没有安排人去追，暂且放他一条生路，剩下的人却一一处置。袁术原本就不是个会用兵的人，手下虽多，但真正能打的有限，正好借此机会整顿一番。
张勋留下了，但他自己很识相，坚决要求交出兵权。孙策答应了，请他出任长史一职。长史是武职，名义上可以统领兵马，但大部分时候只是幕僚首席，并不直接掌兵。张勋改任长史，既夺了他的兵权，又给他保留了名份，照顾他的面子，安抚人心。
阎象官职不变，还是主簿，但孙策对他的信任和支持回予了足够的回报，让他兼领南阳太守。
其他诸将也各有变动，除了离开的人之外，离下的有一部分保留原职，但大部分的兵权都被剥夺了，转为闲职。其实就算孙策保留他们的兵权也没用，与陈瑀一起叛乱，与南阳豪强谈判，出卖部下将士的利益，他们已经失去了将士的信任，在军营里呆着反而不安全，不如做个闲人，避避风头。
如此一来，有近三万大军要重新分配。
孙策首先精选了一万士卒充实到自己的中军，亲卫营增加到四千人，黄忠、邓展、董聿和秦牧四部各增加一到两千不等。这和各人的能力有关，能力强的就多给一些，比如黄忠、邓展，每人各领两营四千人；能力弱的就少给一些，比如董聿、秦牧。他们都比较年轻，刚刚统兵，带两千人已经吃力了，兵力再多就指挥不灵，反而坏事。
然后孙策又精选了一万人拨给周瑜。毋庸置疑，周瑜是这次平叛成功的第一功臣。孙策毫不吝惜地给他重赏，而最好的奖赏无疑就是给他压更多的担子。周瑜帐下原本有三个校尉，三千多人，有了这一万人，他的实力一下子翻了两番，成为仅次于孙策本人的重将。
孙策又挑出两千南阳本地人，让他们带着粮食，追赶文聘，增援武关。文聘之前带走了苌奴的人马，加上这两千人后，他就拥有了两个营，接近四千人，与黄忠、邓展并驾齐驱。
剩下的人不是老弱，就是太年轻，或者身体素质较差，孙策将年老体弱的遣散，战力差的整编，有技术的编入辎重营，年轻的单独编为童子军，平时做做杂务、后勤，战时编入预备队。
整军的同时，阎象发出了第一份太守令
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