蒙古（外喀尔喀部）根本不承认其大汗的地位，漠南蒙古中的科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯诸部各自为政。
身为大汗的林丹汗只能控制辽河流域的察哈尔部（分为浩齐特、奈曼、克什克腾、乌珠穆沁、苏尼特、敖汉、阿喇克卓特和主锡惕八个鄂托克），因为察哈尔王统的余威，算是勉强被大多数部落遥尊为共主。
这就和现在的局势基本一致了，匈奴人虽然曾经是草原共主，但是如今区区刘豹想要成为匈奴单于，草原霸主，其他部族也不会给他面子的。
遥尊显然满足不了林丹汗的雄心，有志于天下的他，急欲恢复祖上的荣光，开始强力打压、收拢各部势力。
“南朝只一大明皇帝，北边只我一人，何得处处成王？我当先处内，后处外”。
也算林丹汗倒霉，就在他的雄心不断升腾之际，白山黑水之间崛起了一支势不可挡的势力，女真人的后金政权。
努尔哈赤的视线可从来没局限在东北一隅，在长期和蒙古人交往的过程中，他深刻洞悉了蒙古各部离散的现状和倾向。
“蒙古之人，犹此云然，云合则致雨，蒙古部落合则成兵，其散犹云收雨止也；俟其散时，我当而躡取之。”
另外，搞定蒙古人也是南下攻明的必然举措之一，至少，在名义上蒙古各部还是大明的盟友，虽然是花钱买来的盟友（“市赏”）。
对于没多少兵力的后金来说，如果倾全力南下，万一蒙古人在侧后来个黑虎掏心，还真不太好办。
这一点，各时期的女真领袖都有清醒的认识，就如皇太极所言：“取燕京如伐大树，须先从两旁斫削，则大树自仆”。
因此，女真人挖蒙古人墙角的铁锹从来就没停过，在努尔哈赤称汗前，科尔沁、内喀尔喀等部便与后金达成了联姻关系。
而林丹汗却始终处理不好，察哈尔部和漠南蒙古各部的关系。但在这段时间里，蒙古各部在明朝“市赏”的鼓励下，还是和后金比划过几下，但结果都是蒙古大败。
在后金强大的压力下，漠南蒙古左翼纷纷投向了后金，走投无路的林丹汗，被迫率领数万部众离开辽河故地，西征漠南蒙古右翼。
在林丹汗西征的路上，蒙古右翼诸部都遭受到了攻击；林丹汗痛击土默特部，不但将其老巢归化城占领，还征服了鄂尔多斯部。
但占据了土默特部和鄂尔多斯部属地的林丹汗日子并不好过，明史记载“其畜牧匮乏，加之塞外霜早，颗粒无收兼厉疫盛行
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