李渊深知江东之战，李药师实居首功，诏他进京，在庙堂上当众嘉许：“李药师乃萧铣、辅公祏膏肓，古之名将如白、韩、卫、霍，岂能及也！”
白、韩、卫、霍指白起、韩信、卫青、霍去病。
皇帝又垂询岭南施政经验，李药师一一回禀。
他特别着重南隅与北地风土人情的差异，虽未建议修法，李渊却深明其意。
四月初一颁布崭新律令，将旧有税赋的租调制改为租庸调制，其中颇多参考李药师在岭南施政的经验。
官职、嘉许、垂询之外，又有赏赐。
李药师得到官绢千段、奴婢百口、良马百匹。
府中突然多出这许多人口马匹，可够出尘、和璧、随珠忙了。
李药师却明白，皇帝、秦王父子嫌隙日深，双方都想拢络自己。
身为人臣，行事若有半步差池，只恐万劫不复。
且待京中诸事告一段落，还是尽速回到扬州为上。
此前李世民已回长安，现在李药师进京，彼此自会相见。
六年前那“你我一南一北，戡平大江大河”的壮志豪情，如今已然实现，怎不令人欢欣振奋，激动万分？两人一番慷慨昂扬的平生交心之后，李世民便问兵法：“先生昔日以奇兵击萧铣，此次则以正兵破辅公祏，可是？”
李药师道：“《孙子》有言：『战事不过奇正，奇正之变，不可胜穷也。
奇正相生，如循环之无端，孰能穷之哉？』所谓『分合为变』，在战场上由将所指，瞬息推移，孰能分奇正之别！所谓『形人而我无形』，此乃奇正之极致也。”
此段大略见于《李卫公问对．卷上．第四》。
李世民大为激赏：“深乎！深乎！”
他寻思半晌，又问道：“秦人严刑峻法，使军民畏我而不畏敌。这种治兵之道，使孤深感疑惑。先生在岭南则以善政凝聚人心，并不多施刑法，便可使万众怀德，可是？”
李药师躬身道：“是。《孙子》有言：『卒未亲附而罚之，则不服，不服则难用。卒已亲附而罚不行，则不可用。』因此为将者治兵，当先以仁爱结于士卒，然后可以使用严刑。如若未能先以仁爱凝聚军心，而只依靠峻法，如此统兵，则不易成功。”
李世民却问道：“然而《尚书》有言：『威克厥爱，允济；爱克厥威，允罔功。』这又如何解释？”
《尚书》此言认为，威严超过仁爱，则能够成功；仁爱超过威严，
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