得灵帝喜爱。再加上其母王美人死于非命，灵帝难免有隐恻之心，因此他心下倾向于立刘协为太子。然而这又有违于立嗣以嫡长为先的皇室传统，所以迟迟下不了决心。
中平六年（189年），灵帝病重，遗诏将刘协托付给宦官上军校尉蹇硕。四月，灵帝去世，立刘辨为帝，是为少帝。何皇后也改称为何太后，临朝处理政务。但国家大权实际上已为何进掌握。刘协封为渤海王，后改封陈留王。从此，内宫宦官和朝中重臣展开了争权夺利的斗争。
先是何进捕杀蹇硕，接着是宦官张让、段珪等杀死何进，司隶校尉袁绍、虎贲中郎将袁术和何进的部将带兵反攻，一下子又杀宦官两千人。张让、段珪等无力还击，劫持少帝和陈留王刘协逃去。尚书卢植率军追到后，杀死张让、段圭，又把少帝和刘协迎回宫内。董卓自认为和收养刘协的董太后同族，加上刘协本身比刘辨有才能，于是从这时起，董卓就想废少帝，另立刘协为皇帝。
回到京城后，董卓的军队完全控制了局势。于是董卓逼着少帝策免了司空刘弘，自己身居其位。接着，董卓又以司空的身份召集百官开会，议改立陈留王刘协为皇帝。百官们大惊失色，但慑于董卓的淫威，谁也不敢表示反对。第二天，董卓宣布废除少帝刘辨，立陈留王刘协为帝，是为献帝，时年9岁。从此，刘协开始了他作为傀儡皇帝的漫长生涯。
要说这小皇帝的傀儡生涯还真是漫漫长路……先是董卓，后来董卓被杀，又被人劫持到了长安，好不容得以逃脱，被曹操迎奉的许昌，以为曹操是个大忠臣，结果可想而知……建安五年（公元200年），刘协不满曹操大权独揽，不甘心作为傀儡，乃暗下衣带诏，令董贵人的父亲车骑将军董承设法诛杀曹操。
董承遂与左将军刘备、长水校尉种辑、将军吴子兰、王子服等一起密谋，结果事情败露，董承等人都被曹操诛杀，怀孕的董贵人也被绞杀。伏皇后畏惧曹操，于是写信给她的父亲伏完，尽数曹操残暴不仁之事，希望伏完能够效仿董承，铲除权臣，但伏完始终未敢行动。
而那狡猾的刘备更满口答应之后逃之夭夭。因此刘协一度陷入了绝望，也渐渐安静下来。直到建安十年刘琮的突然出现，让刘协又燃起了一丝希望。不过随即几年之后，眼见刘琮迟迟没有行动，刘协认为刘琮只不过和刘备一样，要的是他钦封的名分，自己的死活他们才无暇顾及！
而曹操为了控制和稳住刘协也算是下了血本，给刘协网罗了大量华夏美女送给刘协享用，甚至连自己的几个女
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