、河中节度使王重荣整肃本镇兵马，主动出击、屡破齐军；沙陀族枭雄、河东节度使李克用亲率精锐沙陀铁骑，率军入关勤王，战力彪悍、屡建奇功，成为平叛主力。
朝廷重新掌握战局主动权后，再度调整统帅，委任凤翔节度使郑畋为京城四面行营都统，赋予其便宜行事、节制诸军的全权。郑畋忠心报国、调度有方，积极整合各路官军，四面合围长安，牢牢困住黄巢主力大军。随后朝廷再任宰相王铎为诸道行营都统，统筹全局、大举进攻，全面收复失地。
眼见唐军声势复振、勤王之势已成，此前首鼠两端、观望自保的各地藩镇，为保全自身割据利益、博取朝廷封赏，纷纷改换态度，主动上表效忠朝廷，出兵参与平叛。
与此同时，黄巢起义军的致命短板彻底暴露。义军本是流民草寇起家，无稳固根基、无完善军政体系，常年流动作战、不事生产，后期军粮日渐匮乏、物资枯竭。加之占据长安之后，义军将领贪图富贵、心生懈怠，内部矛盾激化、派系林立，分歧分裂日益严重，诸多将领见大势渐去、为求前程，纷纷接受唐朝朝廷招安、倒戈降唐，义军战力大幅削弱，战局彻底逆转。
中和二年（882年）九月，黄巢麾下镇守同州重镇、手握重兵的核心大将朱温，见齐军大势已去、困守绝境，遂举城归降唐军。消息传至蜀地行在，唐僖宗欣喜若狂，将朱温归降视作上天赐福、社稷转机，脱口赞叹“天赐我也”，随即下诏赦免其罪，赐名朱全忠，予以高官厚禄，令其率军征讨旧主。
在唐军多路合围、义军内部分裂、粮草断绝、军心溃散的多重打击下，黄巢大军节节败退、无力支撑，最终被迫放弃长安、全线溃败，退出关中腹地，辗转流窜山东。数年征战之后，义军主力消耗殆尽、全军覆灭，黄巢穷途末路，最终在山东泰安狼虎谷兵败自杀，轰轰烈烈的黄巢大起义彻底落幕。
这场席卷天下、历时十余年的农民大起义，彻底击碎了李唐王朝数百年的统治根基。经此大乱，大唐中央皇权彻底崩塌、权威尽失，天下藩镇彻底脱离朝廷管控，开启了群雄割据、互相吞并的五代前夜乱世。
彼时天下州郡尽数被军阀瓜分：李昌符割据凤翔，王重荣占据蒲、陕二州，诸葛爽掌控河阳、洛阳，孟方立坐拥邢、洺之地，李克用盘踞太原、上党，朱全忠据守汴、滑重镇，秦宗权霸有许、蔡，时溥割据徐、泗，朱瑄掌控郓、齐、曹、濮诸州，王敬武占据淄、青之地，高骈坐拥淮南八州富庶之地，秦彦割据宣、歙，钱镠掌控浙东全境。
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