慕容盛继位称帝，后燕势力退居东北地区。东晋此时内乱不止，殷仲堪、桓玄等人纷纷叛变。十二月，北魏拓跋珪正式称帝。东晋变民孙恩也在此时起兵，给东晋政权带来了新的动荡。
399年，南凉秃发乌孤将都城由金城（兰州）迁至乐都（青海）。南燕王慕容德成功占领青州、兖州地区。然而，南凉秃发乌孤不幸去世，其弟秃发利鹿孤继位。后秦军队攻陷东晋洛阳，吞并河南诸郡。东晋桓玄击败殷仲堪，独霸荆、江、雍三州。后凉王吕光去世，太子吕绍继位。但很快吕纂发动政变，吕绍自杀，吕纂自立为王。
400年，后秦军队进攻西秦乞伏王国，西秦灭亡。敦煌李暠背叛北凉沮渠，建立西凉。南燕慕容德在青州广固称帝，稳固自己的统治。
401年，后凉吕纂被杀，吕隆继位，称凉王。三月，东晋刘裕击败孙恩变民。五月，北凉沮渠蒙逊杀死段业。六月，沮渠蒙逊被推举为张掖公。后秦对后凉发动总攻，包围后凉首都姑臧（甘肃武威）。八月，后燕慕容盛被杀，慕容熙继位。
402年，东晋司马元显讨伐桓玄，桓玄却反杀司马元显，进入建康。南凉秃发利鹿孤去世，秃发傉檀继位。高句丽王国趁机攻击后燕帝国，吞并辽东半岛。北魏帝拓跋珪进攻后秦河东，后秦军队大败。东晋变民孙恩死去，卢循继其位，继续领导变民活动。
403年，南凉秃发、北凉沮渠与后秦联军共同包围后凉姑臧，吕隆无奈投降后秦，后凉宣告灭亡，后秦迎来最盛时期。十一月，桓玄发动叛变，篡夺东晋帝位，自称楚皇帝。
404年二月，刘裕等人在京口起兵，讨伐桓玄，进攻首都建康。三月，桓玄被迫退出建康。五月，桓玄被杀。十月，东晋变民卢循攻陷南海郡。
405年一月，北府兵团攻陷江陵，成功平定桓玄之乱。后秦姚兴尊高僧鸠摩罗什为国师，弘扬佛法。益州发生兵变，刺史毛璩被杀，谯纵自称成都王，西蜀王国建立。此时，全中国呈现九国并立的局面。九月，南燕帝慕容德去世，慕容超继位。
406年，南凉秃发成功吞并后秦姑臧。十一月，南凉王国将都城迁至姑臧。而南燕帝国内部却爆发了激烈的内斗，局势动荡不安。
407年，河套匈奴刘勃勃（即赫连勃勃）背叛后秦，独立建立夏国，全中国形成十国并立的局面。此时的后秦，仅剩下关中、河南地区。七月，慕容云（高云）杀死慕容熙，建立北燕，并恢复原姓高（他本是高句丽人，为慕容宝养子）。南凉进攻北凉，却以
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