修建临时防御工事与安置房屋；随后护送王室成员、官员与宗庙礼器迁移，确保统治中枢先一步稳定；最后组织平民迁移，为每户迁移家庭发放粮食与农具补贴，并派遣官吏沿途护送，避免因迁徙引发民怨。经过半年的筹备与迁移，祖乙二年（公元前1316年）春，新都耿地正式启用，商朝的统治中心从黄河下游的相地，迁至黄河中游的耿地，这场迁都也成为祖乙“中兴”事业的起点。
然而，祖乙迁都耿地的安宁并未持续太久。祖乙三年（公元前1315年）夏季，黄河中游因上游暴雨引发特大洪水，尽管耿地地势较高，仍未能完全幸免——黄河支流汾水决堤，洪水涌入耿都，冲毁了部分民居与手工业作坊，虽未威胁到王宫宗庙，但也让祖乙意识到“耿地仍非长久之地”。更严峻的是，洪水导致耿地周边农田被淹，粮食减产，都城的粮食供应出现危机，部分平民因失去家园与生计，开始出现不满情绪。
面对耿地的水患危机，祖乙不得不考虑再次迁都。此次选址，他将“远离黄河流域、避免水患”作为核心原则，同时兼顾“便于联络诸侯、保障军事安全”的需求。巫贤与大臣们经过多方考察，最终推荐邢地（今河北邢台）——邢地位于太行山东麓，远离黄河主河道与支流，水患风险极低；且地处华北平原腹地，土地肥沃，便于发展农业；更重要的是，邢地东接大彭国（今江苏徐州一带），南邻商朝核心统治区，北可防范北方游牧部落，地理位置极为优越。
祖乙四年（公元前1314年），商朝启动第二次迁都，目的地为邢地。与首次迁都相比，此次迁移更为从容——耿地虽遭水患，但统治中枢未受重创，且经过首次迁都的经验积累，官员们对迁移流程更为熟悉。祖乙下令在邢地规划建设“规制更完善”的新都：不仅修建了更高更厚的城墙，还挖掘了环绕都城的护城河，提升防御能力；同时划分“王宫区”“贵族区”“平民区”“手工业作坊区”与“集市区”，形成功能明确的都城布局。同年年底，第二次迁都完成，邢地成为商朝的新都城。
在第二次迁都过程中，出现了一个特殊情况：部分商朝公族（王室旁支）因“眷恋耿地故土”或“不愿再次迁徙”，拒绝跟随祖乙前往邢地。这些公族在耿地拥有封地与产业，且在河亶甲、祖乙时期积累了一定的势力，若强行逼迫其迁移，可能引发内部矛盾；若放任其留在耿地，又担心其因“脱离王室管控”而形成割据势力。面对这一难题，祖乙展现出灵活的政治智慧——他决定“分封耿地，以亲族镇之”，将自己的弟弟祖
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